功能神经外科是中国第一家中外合作建立的功能神经外科领域的临床医疗和科研机构，由我国著名功能神经外科专家李勇杰教授领衔，是目前国内规模最大的功能脑病医疗和科研机构，是北京市级科研机构和国家教育部正式设立的神经外科博士后流动站，在该领域处于国内领先地位。该科/所分为运动障碍病诊疗中心、癫痫诊疗中心和疼痛诊疗中心，临床医生全部具有医学博士学位。1998年以来，采用国际上最先进的微电极导向立体定向脑内核团毁损术和脑深部电刺激术，治疗帕金森病、原发性震颤等运动障碍病2000余例，成功率达到98％以上，被美国帕金森病基金会授予“卓越成就临床中心”，成为亚洲唯一获此殊荣的临床机构。该科/所还建立了世界最大的帕金森病基因库。采用电生理监测下三叉神经根显微血管减压术治疗三叉神经痛，在消除疼痛的同时能够保留三叉神经的正常功能，疗效持久，安全性高，并发症少，已成功实施手术500余例，治愈率高达95％。此外，还采用各种神经外科手术治疗肌张力障碍、扭转痉挛、痉挛性斜颈、书写痉挛、抽动秽语综合症、舞蹈症、脑瘫、癫痫、疼痛、面肌痉挛、强迫症等疾病，均取得满意疗效。
该科设有老年帕金森病、三叉神经痛和原发性震颤专业组。
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